Desde el principio, FUNED estableció tres objetivos específicos para poder cumplir con misión:

• Eficientar la planeación, programación y operación de la Fundación.
• Mantener su patrimonio con una recuperación eficiente de los créditos y acrecentarlo mediante una campaña permanente de obtención de fondos.
• Multiplicar el esquema FUNED en la República Mexicana.